宅基地纠纷，顾名思义主要指在宅基地方面发生的争议，其种类主要有两种：其一、宅基地权属方面的争议，其二、宅基地非权属方面的争议。
宅基地权属争议指，宅基地权属确定之前的，有关宅基地占有、使用、收益过程中产生的各种争议或争执。
所谓宅基地侵权，是指在土地权属已经确定的情况下发生的侵犯宅基地权益的行为。这类纠纷应当按照民法中一般侵权行为的规定进行调节，侵权人应承担相应的侵权责任，例如退还宅基地、拆除非法营建的建筑物或其他设施等。因此宅基地侵权可以直接向人民法院提起民事诉讼。
而宅基地权属争议必须先由人民政府进行行政调查处理，对行政处理决定不服的，可以申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼。
所谓宅基地违法，是指当事人的行为违反有关宅基地方面的法律、法规规定，应当依法追究行政、刑事责任的情况，例如非法审批宅基地、非法占用宅基地、破坏宅基地等非法行为。关于这方面的纠纷，就属于宅基地违法争议。宅基地违法属于公法调整的范围，对于这些违法行为，土地管理部门可依法给予相应的行政处罚或者行政处分。情节严重，构成犯罪的，根据刑法依法追究刑事责任。
而宅基地权属争议是平等主体之间因宅基地权属不清，而产生的民事纠纷，由民事法律进行调整，属于私法范畴。宅基地权属争议双方不能自行和解的或者经和解后一方反悔的，由相应的人民政府或政府部门进行调解或者裁决，而对调解和裁决不服的，依法提起行政复议或行政诉讼，此时，这种纠纷才转为公法调整的范畴，由行政复议法或行政诉讼法进行调整。
其一、行政处理前置程序原则。主要是指对宅基地权属争议案件，在最终提起行政诉讼之前，必须经相关的行政机关依法作出行政处理决定，否则人民法院不予受理。
其二、现有利益保护原则。现有利益保护原则，主要内容是指在宅基地权属争议解决之前，即在确权之前，任何一方不得改变宅基地的现有状况，不得破坏宅基地上的房屋、林木及其他附属物现存状态。
协商是争议双方对自己权利处理的一种方式，是私法自治原则的体现，所以，协商必须建立在自愿、平等、真实的基础之上.
首先，争议双方不能达成和解协议或者一方对调解协议反悔的，应当以书面形式，向相应的人民政府或土地主管部门申请调解。县级以上国土资源行政主管部门负责宅基地权属争议案件的调查和调解工作。个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，也可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。其次，书面审查。人民政府或土地主管部门收到申请以后，在7个工作日内进行书面审查。再次，调查处理。人民政府或者土地主管部门经审查，对受理的宅基地权属争议案件，应当审查双方当事人提供证据材料，经调查属实的，以自愿、合情、合法的形式进行调解，调解达成协议的，应当及时制作调解书。调解未达成协议的，政府或宅基地主管理部门应当及时提出调查处理意见。因未达成调解意见，所以法律关系一直处于不稳定状态，为了恢复正常的法律关系，政府或宅基地主管理部门应当及时处理。所以，《土地权属争议调查处理办法》第30条规定，受理争议案件的机关应当自受理土地权属争议之日起6个月内提出调查处理意见。因情况复杂，在规定时间内不能提出调查处理意见的，经政府或宅基地主管理部门的主要负责人批准，可以适当延长。
人民政府或土地主管部门对宅基地权属争议案件受理后，未达成调解协议的，提出调查处理意见，在5个工作日内应当报上级或同级人民政府作出处理决定，即行政裁决。对此行政裁决，当事人既不申请行政复议，也不提起行政诉讼，即发生法律效力。
根据《行政复议法》、《行政诉讼法》和有关土地管理法规的规定，宅基地权属争议当事人对于下列两种情况可以申请行政复议或提起行政诉讼：第一，有关人民政府对上述调查处理意见作出的处理决定；第二，对于宅基地权属争议当事人的申请，有关的人民政府作出的不予受理决定。对于以上两种情况，当事人可以先申请行政复议，对复议结果不服的，可以提起行政诉讼；也可以不经复议，直接向人民法院提起行政诉讼。
对于宅基地非权属争议纠纷的处理，如宅基地侵权、宅基地违法或其他宅基地纠纷，不牵涉宅基地确权问题的，争议双方可以直接向人民法院起诉；也可以按照宅基地权属争议处理程序一样，先行协商。对协商无法达成一致意见的，可以申请调解、行政裁决。对于处理不服的，可以申请行政复议或向人民法院起诉。
