以借款形式领取工程款所涉法律关系的认定，需要综合考虑合同主体、合同内容以及实际履行情况等因素。以下是具体的认定思路：
一致性审查：如果借款合同的双方当事人与建设工程施工合同的双方当事人一致，则可能存在以借款名义支付工程款的情况。这种情况下，借款协议可能并非真正的借贷关系，而是发包方通过这种方式支付工程款。
主体不一致时的倾向性：如果借款合同的主体与建设工程合同的主体不一致，法院更倾向于将案涉款项认定为借款，而非工程款。
借款合同的形式要件：根据《中华人民共和国民法典》第六百六十八条第二款规定，借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。如果借款合同中包含上述所有要素，法院会倾向于认定为借款合同。
专款专用的特殊性：在建设工程领域，借款合同往往将款项用途标注为支付工资、材料款等，具有专款专用的特点。这种情况下，法院应结合借款合同的实际用途，判断其是否属于真实的借款关系。
款项来源：如果借款资金来源于发包方支付的工程款，而非出借方自有资金，则可能表明该借款实际上是工程款的提前支取或预付。
支付背景：如果借款行为发生在建设工程未结算前，且符合行业惯例（如以借据形式支付工程进度款），则更倾向于认定为工程款性质。
利息约定：真实的借款关系通常会约定利息、还款期限和还款方式。如果借据中缺乏这些关键条款，则可能并非真正的借款。
基础法律关系的认定：根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十四条，如果被告能够证明债权纠纷非民间借贷行为引起，法院应按照基础法律关系审理。例如，若能证明款项实为工程款，则应按建设工程合同纠纷处理。
释明义务：如果原告主张的法律关系与法院查明的事实不符，法院应当向原告释明变更诉讼请求。若原告坚持不变更，法院可裁定驳回起诉。
虽然承包人出具了借款单并承诺支付利息，但款项并未进入其个人账户，而是直接用于支付农民工工资和材料款。
以借款形式领取工程款的法律关系认定，需结合合同主体、合同内容、款项性质及实际履行情况进行综合判断。法院通常会优先审查基础法律关系，并根据查明的事实作出认定。如果款项实为工程款，则应按建设工程合同纠纷处理；如果确为借款，则按民间借贷纠纷处理。
