诉讼主体确定以后，原告下一步的工作就是确定建设工程合同纠纷的管辖法院。管辖法院的确定是提起民事诉讼非常重要的一环，如果原告向不具有管辖权的法院提起诉讼，会被告知向具有管辖权的法院提起诉讼，或被裁定移送至有管辖权的法院。如原告拒不向有管辖权的法院起诉，原告的起诉将被驳回。这样会增加原告的诉累和诉讼成本。
确定职能管辖，是指确定建设工程施工合同纠纷案件是否属于人民法院的受理范围。首先，要审查建设工程施工合同、补充协议和结算协议是否有仲裁条款，以及当事人是否签订单独的仲裁协议。如当事人在上述合同、协议中约定仲裁的，则应向约定的仲裁委员会申请仲裁，而不应向人民法院提起诉讼。仲裁协议约定两个以上仲裁机构、约定由某地的仲裁机构仲裁但该地有两个以上仲裁机构，当事人不能就仲裁机构的选择达成一致，仲裁协议无效；当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效；当事人对仲裁事项或仲裁机构约定不明确，双方当事人达不成补充协议的，仲裁协议无效。仲裁协议无效的，当事人可以向人民法院提起诉讼。其次，要审查起诉是否存在人民法院不予受理的情形，如是否存在“一事不再理”的情形，是否存在二审辙回起诉后又提起诉讼的情形等。
实际施工人突破合同相对性原则以发包人作为被告提起诉讼，发包人能否以其与承包人之间存在仲裁协议为由排除人民法院管辖，实践中存在争议。观点一认为，实际施工人突破合同相对性原则向发包人主张权利，其取代的是承包人的地位，发包人可用合同约定的条款对抗实际施工人，包括其与承包人签订的仲裁协议排除人民法院的管辖。观点二认为，实际施工人非合同当事人，不受仲裁协议的约束，发包人不得以其与承包人签订的仲裁协议对抗实际施工人提起的诉讼。笔者倾向于第二种观点。实际施工人向发包人主张权利可分为两种情形：(1)实际施工人行使代位权的情形。《民法典》第五百三十五条仅规定债权人向人民法院请求行使代位权，并没有规定代位权可以通过仲裁机构仲裁的方式行使。发包人以其与承包人签订仲裁协议为由认为实际施工人应向仲裁机构行使代位权，与法律规定不符。(2)实际施工人依据《建设工程司法解释（一）》第四十三条规定向发包人主张权利的情形。实际施工人只能向发包人主张欠付工程款的权利，并没有取代承包人作为合同当事人的地位。因此，实际施工人并不受合同约定的工程价款和支付时间以外其他条款的约束，发包人与承包人签订的仲裁协议也不应约束实际施工人。
民商事案件的第一审管辖法院一般是基层人民法院。一些建设工程施工合同纠纷案件标的额较大，案件影响较大，可能存在第一审管辖法院为中级人民法院、高级人民法院乃至最高人民法院的情况。
《民事诉讼法》第十七条规定：“基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。”第十八条规定：“中级人民法院管辖下列第一审民事案件：（一）重大涉外案件；（二）在本辖区有重大影响的案件；（三）最高人民法完确定由中级人民法院管辖的案件。第十九条规定：“高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审民事案件。”第二十条规定：“最高人民法院管辖下列第一审民事案件：（一）在全国有重大影响的案件；（二）认为应当由本院审理的案件。”
《最高人民法院关于调整高级人民法院和中级人民法院管辖第一审民商事案件标准的通如》（法发2015）7号)和《最高人民法院关于调整高级人民法院和中级人民法院管辖第一审民事案件标准的通知》（法发(2019）14号)对级别管辖进行了细化。以北京、上海、江苏、浙江、广东为例：诉讼标的额在50亿元以上（包含本数或者其他在本辖区有重大影响的第一审民商事案件由高级人民法院管辖；当事人住所地均在受理法院所处省级行政辖区，诉讼标的额在1亿元以上50亿元以下的第一审民商事案件由中级人民法院管辖；当事人一方住所地不在受理法院所处省级行政辖区，诉讼标的额在5000万元以上50亿元以下的第一审民商事案件由中级人民法院管辖。对重大疑难、新类型和在适用法律上有普遍意义的案件，可以依照《民事诉讼法》第三十八条的规定，由上级人民法院自行决定由其审理，或者根据下级人民法院报请决定由其审理。
建设工程施工合同纠纷案件诉讼标的额，一般按原告诉讼请求中的金额确定，包括工程欠款的本金、利息、违约金、损失赔偿数额等。
2015年2月4日《民事诉讼法司法解释》施行之前，虽然《民事诉讼法》第三十三条第（一）项规定因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖，但当时通说认为，此处因不动产纠纷提起的诉讼，是指因不动产所有权、使用权、相邻权等物权纠纷提起的诉讼，不包括建设工程施工合同等不动产合同纠纷。已失效的《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十四条规定，建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地。该条即为建设工程施工合同地域管辖的程序性规定，明确建设工程施工合同纠纷案件不适用专属管辖，而应当适用合同纠纷的一般性地域管辖原则。因此，2015年之前，以一般合同纠纷的管辖规定确定建设工程施工合同纠纷的管辖法院，即由被告所在地或合同履行地人民法院管辖，但当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。
2015年2月4日起施行的《民事诉讼法司法解释》第二十八条规定：民事诉讼法第三十三条第一项规定的不动产纠纷是指因不动产的权利确认、分割、相邻关系等引起的物权纠纷。农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷，按照不动产纠纷确定管辖。不动产已登记的，以不动产登记簿记载的所在地为不动产所在地；不动产未登记的，以不动产实际所在地为不动产所在地。该条规定建设工程施工合同纠纷按不动产纠纷确定管辖法院，即由不动产所在地人民法院管辖。这是考虑到建设工程施工合同纠纷，往往涉及建筑物工程造价评估、质量鉴定、价款优先受偿、执行拍卖等，由建筑物所在地法院管辖，有利于案件的审理与执行。
1.建设工程债权转让，债权受让人与建设工程施工合同的相对人产生纠纷，管辖法院如何确定。第一种观点认为，应当依一般合同纠纷的管辖规定确定管辖法院，由被告所在地或合同履行地的人民法院管辖，当事人可以协议确定管辖法院；第二种观点认为，应当以建设工程所在地人民法院专属管辖。笔者认为，建设工程债权转让后，债权受让人与建设工程施工合同的相对人产生纠纷，如债权受让人向合同相对人主张工程价款债权，相对人可以合同约定的质量问题、工期延误问题等进行抗辩，实质上仍是建设工程施工合同纠纷，应当以建设工程施工合同纠纷确定管辖法院。
中房京贸房地产开发有限公司（以下简称中房京贸公司）与北京城建五资产管理有限公司（以下简称城建五资产公司）建设工程施工合同纠纷
北京市高级人民法院二审认为：债权转让生效后，债权受让人诉至法院要求债务人还款，诉讼标的是原合同的权利义务关系，债务人亦可基于原合同的权利义务关系对受让的债权进行抗辩，故应按原合同类型确定案由及案件管辖。本案中，城建五资产公司主张其受让了城建五建设公司对中房京贸公司享有的债权，要求中房京贸公司还款，故应以城建五建设公司与中房京贸公司之间的原合同关系确定本案案由及管辖。本案争议原合同系中房京贸公司与城建五建设公司签订有《建设工程施工合同》，故本案争议系建设工程施工合同纠纷，应以不动产所在地法院专属管辖。该合同约定建设地位于北京市海淀区，故由北京市海淀区有管辖权的法院对本案行使管辖权。结合本案诉讼标的额确定级别管辖，一审法院对本案有管件权。中房京贸公司认为一审法院对本案没有管辖权没有法律依据，不予支持；一审法院裁定驳回中房京贸公司的管辖权异议正确，应予维持。
2.实际施工人提起代位权诉讼，管辖法院如何确定。《建设工程司法解释(一)》第四十四条规定：“实际施工人依据民法典第五百三十五条规定，以转包人或者违法分包人怠于向发包人行使到期债权或者与该债权有关的从权利，影响其到期债权实现，提起代位权诉讼的，人民法院应予支持。”该条是关于实际施工人向发包人提起代位权诉讼的规定。第一种观点认为，应当以代位权诉讼管辖规定确定管辖法院。而代位权诉讼应由被告住所地人民法院管辖。因此，实际施工人提起代位权诉讼，应当由被告即发包人住所地的人民法院管辖。第二种观点认为，实际施工人提起代位权诉讼，应当按照建设工程施工合同纠纷的管辖规定确定管辖法院。第三种观点认为，《民事诉讼法》和《民事诉讼法司法解释》关于专属管辖的规定应优先适用，实际施工人对发包人提起的代位权诉讼涉及建设工程价款债权的，应由建设工程所在地人民法院管辖，不涉及建设工程价款债权的，应由发包人住所地人民法院管辖。最高人民法院民事审判第一庭编著的《最高人民法院建设工程施工合同司法解释（二）理解与适用》采用的是第三种观点，本书亦从之。
3.施工单位或实际施工人凭借工程款欠条主张权利，管辖法院如何确定。建设工程实践中，常有施工单位与发包人结算后，发包人向施工单位出具工程款欠条，实际施工人与前手承包人结算后，承包人向实际施工人出具工程款欠条的情况。关于此类案件管辖法院如何确定，有两种观点。第一种观点认为，应当适用建设工程施工合同专属管辖的规定确定管辖法院；第二种观点认为，此类案件与民间借贷案件更为相似，因此不应适用专属管辖的规定，而应参照民间借贷纠纷的管辖规则确地管辖法院。笔者认为，发包人或前手承包人出具工程款欠条，施工单位或实际施工人凭借工程款欠条提起诉讼，其基础法律关系仍是建设工程施工合同关系而非民间借贷关系，管辖法院的确定也应当适用建设工程施工合同专属管辖的规定。
4.破产企业作为债务人的建设工程施工合同纠纷案件由受理破产的人民法院管辖。《企业破产法》第二十一条规定：“人民法院受理破产申请后，有关债务人的民事诉讼，只能向受理破产申请的人民法院提起。”由于破产是一种概括式的债权债务处理方式，涉及破产企业的所有债权债务均由受理破产申请的人民法院集中处理。虽然司法解释规定建设工程施工合同案件由建设工程所在地人民法院专属管辖，但涉及破产企业的建设工程施工合同案件仍应适用《企业破产法》的规定，由受理破产申请的人民法院管辖。
江苏省高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》(2018年)第一条规定：“建设工程合同案件专属管辖如何理解？《最高人民法院关于适用中华人民共和国民事诉讼法的解释》第28条规定建设工程施工合同案件按照不动产专属管辖确定受诉法院，即建设工程施工合同纠纷一律由建设工程所在地人民法院管辖。‘建设工程施工合同纠纷还包括建设工程价款优先受偿权纠纷、建设工程分包合同纠纷、建设工程监理合同纠纷、装饰装修合同纠纷、建设工程勘察合同纠纷、建设工程设计合同纠纷。尚未开工建设的建设工程施工合同纠纷，以及达成结算协议的建设工程施工合同纠纷，均适用专属管辖。工程款债权转让的，债务人与受让人因债务履行发生纠纷的，由于该债权源于建设工程施工合同，按建设工程施工合同纠纷适用专属管辖。”
