《城市房屋拆迁管理条例》不仅存在若干内容与上位法相抵触的问题，而且模糊了房屋拆迁的法律性质。政府一方面实际主导着拆迁，另一方面又不承担拆迁人应有的法律义务。政府、拆迁人与被拆迁人之间的关系含混不清，是造成被拆迁人处于不利地位的根本法律原因。《国有土地上房屋正好薮与补偿条例》理顺了拆迁法律关系，明确房屋拆迁的行政征收性质，对房屋拆迁各方的权利义务进行了重新配置。
经过2001年的修订，《城市房屋拆迁管理条例》在政府依法行政和保护公民的财产权方面取得了一些重要的进步。但也应当看到，即便是修改后的条例在立法宗旨、立法原则等框架性的问题上依然存在缺陷。比如说，《城市房屋拆迁管理条例》的实质上赋予了政府对城市房屋的征收权，但却没有对该项权力的行使赋予必要的限制，
（一）该条例第1条规定“为了加强对城市房屋拆迁的管理，维护拆迁当事人的合法权益，保障建设项目顺利进行，制定本条例。”既没有区分公共利益和商业利益，也没有要求房屋征收权只能基于公共利益的需要才能行使，因此违背了征收权的本质，也降低了人们对于房屋征收活动的认同感和支持度；
（二）该条例在程序方面的规定不是很完善，具体表现为：首先，规划的制定和变更往往要引发拆迁，规划程序对于拆迁至关重要，但是规划法和拆迁条例规定的规划程序极为简陋，甚至与房屋拆迁紧密相连、直接影响公众利益的分区规划和详细规划没有规定任何通知、听证和监督程序，使公众根本没有任何表达意见的渠道；其次，拆迁许可的审批是拆迁过程的重要环节，拆迁许可证是拆迁人剥夺被拆迁人房地产权利的尚方宝剑，一旦获得这一利器，被拆迁人在法律上便只能任人宰割。但从旧条例的规定上看，拆迁许可的审批程序也是黑箱操作，在被拆迁人没有任何的知情、参与和监督的情况下，政府审批机关就可以给建设单位批准拆迁许可；再次，拆迁补偿产生纠纷后，一般由批准拆迁的房屋拆迁主管部门裁决。至于拆迁安置补偿纠纷，有的由房地产管理局裁决，有的由拆迁办裁决，有的由城建局裁决 。拆迁指挥部、房管局、土管局、城建局和拆迁办以及拆迁事务所等均是政府下属机构或职能部门。补偿安置协商不成，再由有关部门裁决。这种做法实际上就是“自己做自己案件的法官”。
正是由于这些程序的阕失和不完善，在拆迁实践中，我们可以看到被拆迁人抱怨最多的是拆迁事宜完全由政府甚至开发商说了算，被拆迁人在涉及自己权益的诸如建设项目批准文件、建设用地规划许可证、国有土地使用权批准文件、拆迁许可证的发放以及拆迁计划和拆迁方案等重大问题上，根本就没有表达自己意见的机会。用通俗的话来说，在旧的拆迁条例之下，政府几乎是在被拆迁户毫不知情的情况下将公民的房屋卖给了开发商。而后，拆迁人拿着政府颁发的许可证，如同手持“尚方宝剑”般地走进每一个谈判现场，于是，无论各个地方政府对于补偿问题和估价问题进行怎样的立法，亦无论合理与否，都无法改变一个最重要、最基本的事实——即被拆迁户与开放商签订的所谓协议，是在推土机之下缔结的“城下之盟”。
（三）有关补偿的规定过于简陋，被拆迁人获得的补偿偏低、安置不到位。房产在大多数中国人的生活资料中占绝对比重，尤其是对于很多贫困家庭而言，失去住房就等于流离失所，生活无着。对于城市居民，因城市生活成本不断上涨，未能获得足额补偿的拆迁户面临的选择是在同样地段获得更小面积的房产，或者搬迁至更偏远、房价和生活条件更低的郊区。而且搬迁对于有些居民来讲意味着丧失赖以谋生的手段，更不用说离开原有的居住环境所造成的精神上的损失。依照《房屋拆迁管理条例》的规定，房屋拆迁补偿的方式有两种，一是金钱补偿，二是房屋产权调换。其立法本意在于拆迁补偿地产市场价格接轨，使被拆房屋体现其市场价值。然而，由于条文本身规定的过于原则，在实践中这一规定并未得到贯彻，采用金钱和房屋产权调换方式进行补偿都存在很大问题。最典型的是将被拆迁人的房屋价格评估过低，而对安置房屋的价格评估过高。另外，在实践中拆迁人为被拆迁人提供的安置房屋质量低劣，房屋安置迟迟不予兑现等现象也十分严重，这也是被拆迁人极为不满并频频的原因所在。另外，《城市房屋拆迁管理条例》只规定了城市房屋的拆迁补偿，而忽视了更具财产价值的土地权利的补偿，其不公正性也是显而易见的。如果说为了公益需要提前收回的土地应当补偿，那么为了商业目的提前收回土地更应补偿。
（四）《房屋拆迁管理条例》规定补偿金由评估机构评估，应当说这样的规定具有一定的积极意义。但由于房屋评估机构的选定程序不明确，加之我国房地产评估事务所绝大多数由政府职能部门的二级机构发展而来，虽然形式上拖了钩，但在人财物等诸多方面仍有千丝万缕的联系，因此普遍出现了拆迁人操纵评估结果，高价低估的现象，严重影响了被拆迁人的财产权利。
（五）补偿责任的承担主体问题。依照《房屋拆迁管理条例》的规定，承担补偿责任的是拆迁人而非行政机关，但实际上剥夺被拆迁人土地使用权和房屋所有权的却是行政机关的土地使用权审批决定和拆迁许可决定。虽然，在其他国家也有受益的私人承担补偿的做法，但这只是实施征收行政机关和受益的私人之间补偿责任划分问题，对于被拆迁人而言，在法律上请求补偿的对象应是行政机关而非受益的私人。
上述问题的存在严重影响了社会的稳定。特别是在进入21世纪之后，伴随着中国城市化和现代化进程的加快，相关矛盾不但没有减少，反而却不断激化。2009年11月“唐福珍”事件曝光之后，被拆迁户的悲惨经历震撼了整个社会，《房屋拆迁管理条例》的不公正性也引起整个社会的高度关注。
第一条 为了规范国有土地上房屋征收与补偿活动，维护公共利益，保障被征收房屋所有权人的合法权益，制定本条例。
第二条 为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。
市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。
第五条 房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施单位不得以营利为目的。
房屋征收部门对房屋征收实施单位在委托范围内实施的房屋征收与补偿行为负责监督，并对其行为后果承担法律责任。
国务院住房城乡建设主管部门和省、自治区、直辖市人民政府住房城乡建设主管部门应当会同同级财政、国土资源、发展改革等有关部门，加强对房屋征收与补偿实施工作的指导。
第七条 任何组织和个人对违反本条例规定的行为，都有权向有关人民政府、房屋征收部门和其他有关部门举报。接到举报的有关人民政府、房屋征收部门和其他有关部门对举报应当及时核实、处理。
第八条 为了保障、促进国民经济和社会发展等公共利益的需要，有下列情形之一，确需要征收房屋的，由市、县级人民政府作出房屋征收决定：
（三）由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；
（五）由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；
第九条 依照本条例第八条规定，确需征收房屋的各项建设活动，应当符合国民经济和社会发展规划、土地利用总体规划、城乡规划和专项规划。保障性安居工程建设、旧城区改建，应当纳入市、县级国民经济和社会发展年度计划。
制定国民经济和社会发展规划、土地利用总体规划、城乡规划和专项规划，应当广泛征求社会公众意见，经过科学论证。
市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。征求意见期限不得少于30日。
因旧城区改建需要征收房屋，多数被征收人认为征收补偿方案不符合本条例规定的，市、县级人民政府应当组织由被征收人和公众代表参加的听证会，并根据听证会情况修改方案。
第十二条 市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当按照有关规定进行社会稳定风险评估；房屋征收决定涉及被征收人数量较多的，应当经政府常务会议讨论决定。
第十三条 市、县级人民政府作出房屋征收决定后应当及时公告。公告应当载明征收补偿方案和行政复议、行政诉讼权利等事项。
第十四条 被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
第十五条 房屋征收部门应当对房屋征收范围内房屋的权属、区位、用途、建筑面积等情况组织调查登记，被征收人应当予以配合。调查结果应当在房屋征收范围内向被征收人公布。
第十六条 房屋征收范围确定后，不得在房屋征收范围内实施新建、扩建、改建房屋和改变房屋用途等不当增加补偿费用的行为；违反规定实施的，不予补偿。
房屋征收部门应当将前款所列事项书面通知有关部门暂停办理相关手续。暂停办理相关手续的书面通知应当载明暂停期限。暂停期限最长不得超过1年。
第十八条 征收个人住宅，被征收人符合住房保障条件的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当优先给予住房保障。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
第十九条 对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
第二十条 房地产价格评估机构由被征收人协商选定；协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。
被征收人选择房屋产权调换的，市、县级人民政府应当提供用于产权调换的房屋，并与被征收人计算、结清被征收房屋价值与用于产权调换房屋价值的差价。
因旧城区改建征收个人住宅，被征收人选择在改建地段进屋产权调换的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当提供改建地段或者就近地段的房屋。
第二十二条 因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。
第二十三条 对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
第二十四条 市、县级人民政府及其有关部门应当依法加强对建设活动的监督管理，对违反城乡规划进行建设的，依法予以处理。
市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。
第二十五条 房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。
第二十六条 房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。
任何单位和个人不得采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。
第二十八条 被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。
第二十九条 房屋征收部门应当依法建立房屋征收补偿档案，并将分户补偿情况在房屋征收范围内向被征收人公布。
第三十条 市、县级人民政府及房屋征收部门的工作人员在房屋征收与补偿工作中不履行本条例规定的职责，或者滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的，由上级人民政府或者本级人民政府责令改正，通报批评；造成损失的，依法承担赔偿责任；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第三十一条 采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁，造成损失的，依法承担赔偿责任；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予处分；构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚。
第三十二条 采取暴力、威胁等方法阻碍依法进行的房屋征收与补偿工作，构成犯罪的，依法追究刑事责任；构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚。
第三十三条 贪污、挪用、私分、截留、拖欠征收补偿费用的，责令改正，追回有关款项，限期退还违法所得，对有关责任单位通报批评、给予警告；造成损失的，依法承担赔偿责任；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予处分。
第三十四条 房地产价格评估机构或者房地产估价师出具虚假或者有重大差错的评估报告的，由发证机关责令限期改正，给予警告，对房地产价格评估机构并处5万元以上20万元以下罚款，对房地产估价师并处1万元以上3万元以下罚款，并记入信用档案；情节严重的，吊销资质证书、注册证书；造成损失的，依法承担赔偿责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第三十五条 本条例自公布之日起施行。2001年6月13日国务院公布的《城市房屋拆迁管理条例》同时废止。本条例施行前已依法取得房屋拆迁许可证的项目，继续沿用原有的规定办理，但政府不得责成有关部门强制拆迁。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》在指导思想、立法原则、适用范围以及其他一些具体的制度设计方面都有了许多极为重要的变化，也因此取得了诸多进步。具体来说，主要包括以下几个方面：
（一）将公共利益征收与商业开发彻底分开，房屋征收只能基于公共利益的需要。《条例》第2条规定：“为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人给予公平补偿。”同时第8条以列举的方式将“公共利益的需要”界定为：国防和外交的需要；由政府组织实施的能源、交通、水利等基础设施建设的需要；由政府组织实施的科技、教育、文化、卫生、体育、环境和资源保护、防灾减灾、文物保护、社会福利、市政公用等公共事业的需要；由政府组织实施的保障性安居工程建设的需要；由政府依照城乡规划法有关规定组织实施的对危房集中、基础设施落后等地段进行旧城区改建的需要；法律、行政法规规定的其他公共利益的需要。这标志着纯粹基于商业开发的需要就动用政府征收权的模式将成为历史。
（二）政府是房屋征收的主体，政府也是补偿主体，禁止建设单位参与搬迁活动。《条例》第4条规定：“市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府确定的房屋征收部门组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。市、县级人民政府有关部门应当依照本条例的规定和本级人民政府规定的职责分工，互相配合，保障房屋征收与补偿工作的顺利进行。”第27条第3款规定，“任何单位和个人不得采取暴力、威胁或者违反规定中断供水、供热、供气、供电和道路通行等非法方式迫使被征收人搬迁。禁止建设单位参与搬迁活动。”这意味着公益性征收、补偿的主体只能是政府，而不再包括开发商。
（三）在补偿方面，确立了“公平补偿”的原则，并且规定应当“以市场价格作为补偿标准”，先补偿，后搬迁。《条例》第2条规定，“为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人（以下称被征收人）给予公平补偿。”第19条第1款规定，“对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。”第27条第1、2款规定，“实施房屋征收应当先补偿、后搬迁。作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予补偿后，被征收人应当在补偿协议约定或者补偿决定确定的搬迁期限内完成搬迁。”这些规定毫无疑问将大大有利于公民财产权的保护。
（四）确立了征收补偿程序的“程序正当原则”，加强了公共参与房屋征收与补偿程序。《条例》第3条规定“房屋征收与补偿应当遵循决策、程序正当、结果公开的原则。”第10条第2款规定，“市、县级人民政府应当组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见。征求意见期限不得少于30日。”第11条规定，“市、县级人民政府应当将征求意见情况和根据公众意见修改的情况及时公布。因旧城区改建需要征收房屋，多数被征收人认为征收补偿方案不符合本条例规定的，市、县级人民政府应当组织由被征收人和公众代表参加的听证会，并根据听证会情况修改方案。”第13条规定，“市、县级人民政府作出房屋征收决定后应当及时公告。公告应当载明征收补偿方案和行政复议、行政诉讼权利等事项。 市、县级人民政府及房屋征收部门应当做好房屋征收与补偿的宣传、解释工作。”
（五）取消了旧条例关于行政强制进屋拆迁的规定，加强了司法对于房屋征收与补偿工作的审查力度。在旧条例中，被征收人只能对政府所作出的补偿安置决定提起复议或诉讼，而新条例第14条规定，“被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。”旧条例规定，“被拆迁人或者房屋承租人在裁决规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋所在地的市、县人民政府责成有关部门强制拆迁，或者由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。”而新条例则完全排除了行政机关自己进行强制拆迁的可能性，其第28条规定，“被征收人在法定期限内不申请行政复议或者不提起行政诉讼，在补偿决定规定的期限内又不搬迁的，由作出房屋征收决定的市、县级人民政府依法申请人民法院强制执行。”第45条规定，“本条例自公布之日起施行。2001年6月13日国务院公布的《城市房屋拆迁管理条例》同时废止。本条例施行前已依法取得房屋拆迁许可证的项目，继续沿用原有的规定办理，但政府不得责成有关部门强制拆迁。”
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