自2011年最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定(三) 出台后，股权代持有了法律依据，在实际认定代持效力时，只要不存在欺诈、胁迫及损害国家、社会公共利益或者第三人利益等情形，也不存在任何非法目的，股权代持就是合法有效的，改变了在这之前股权代持不受法律保护的现象。
股权代持的原因纷繁复杂，比如有特殊身份的人（公务员、国企干部、军人、承担竞业限制义务的人等）、企业改制、股权信托设计、避免公司之间形式上的关联性、股东人数过多、规避法律的强制性规定等，实际出资人基于信任关系将其出资形成的股权交给代持人持有。
除了上述原因外，股权代持还从成为大股东股权架构的一种重要形式，目的是通过股权代持来掌控公司的控制权，特别是在做股权激励时，经常会碰到大股东帮激励对象代持股权的设计，这样员工享受到实际收益，但同时员工不拥有该部分股权的表决权。股权代持主要是依据协议来维持，比较灵活，只要双方协商一致，不违背法律的禁止性规定，在适用上是没有限制的，在非上市公司尤其是有限公司中经常用到。
不过应当注意的是，如果公司要上市或挂牌，股权代持就应当彻底清理。除了上市时要对代持股权清理，股权代持本身还蕴含着一定的风险：
1. 代持股权被转让或质押，善意第三人优先隐名股东受保护的风险：根据最高院司法解释，名义股东将登记于其名下的股权转让、质押或者以其他方式处分时，如果处分行为符合善意取得的条件，实际股东就不再拥有相应的股权，不能再行使股东权利，实际股东的救济措施是可以要求名义股东赔偿损失。
2. 名义股东的风险：主要是出资风险，如果名义股东代持的股权是认缴制的，实际股东未履行出资义务，当债权人追索，名义股东作为工商登记的股东，需要在出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。
3. 隐名股东主张股东身份“显名”风险：虽然最高院司法解释肯定了股权代持协议的效力，但是拥有投资权益并不意味着拥有股东权益，实际股东不能直接向公司主张股东权益，如果实际出资人想恢复其公司股东身份，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司股权变更登记。
4.显名股东成为被执行人，代持股权可以作为被执行财产的风险。在股权代持过程中，如果显名股东因自身债务而涉诉，进而因败诉而成为被执行人时，显名股东所代持的股份很有可能被作为执行财产被冻结、拍卖。此时，隐名股东不能以代持协议为依据主张代持的股份不属于显名股东的被执行财产。
5.显名股东会面临难以退出公司的风险与前述隐名股东要求显名，需经其他股东过半数同意相似，显名股东如果不愿再继续代持，欲退出公司或者让隐名股东显名，也要受到该条件的限制。如果其他股东事先不知有股权代持情形，事后又不愿意实际投资人显名的，则该代持人仍然难以退出。
6. 税务风险：解除股权代持一般方式是采用股权转让方式，税务机构一般不认可是为了解除代持关系而进行还原操作，可能会要求按照公允价值计算缴纳所得税。为避免纠纷，建议约定好税务风险承担问题。
1. 股权代持协议本质上是一份合同，需要确保合同双方主体（如政府官员、国企领导干部）合法性，股权代持协议内容（如外资为规避市场准入）的合法性，依法实施股权代持，避免股权代持协议因违反合同法第五十二条规定的无效情形。
2. 明确代持股权事项的股东权利行使规则。如果可行的话，尽量将股权中各项股东权能的行使规则都做详细的、可操作的约定，如表决权的行使与限制、股权收益转交的方式、股权转让的无条件配合等等，以降低股权代持期间的权利行使成本。
3. 重点设计违约责任条款。股权代持协议在本质上是一份契约，实际股东受到的是契约保护，与直接持股时的权利状态是有差别的，对实际股东而言意味着更大的违约风险。因此，在代持协议中需要约定明确的违约责任，以防范由于各种主客观因素导致的风险。
4. 代持主体选择时，考虑税务问题，公司还是个人作为代持主体，在税务环节是不一样的。个人作为代持人时，只缴纳一次个人所得税；公司作为代持人时，如果未来只分红，税收效果与个人作为代持人是一样的：公司分红免税，分配给被代持人时缴纳个人所得税；如果未来转让股份，则要视转让价格而产生不同的税务负担：平价转让时无所得税问题，溢价转让时公司要缴纳企业所得税，分配给被代持人时还要缴纳个人所得税。因此，实践操作中应当根据需要确定不同类型的代持人，避免产生额外的纳税义务。
5.代持股协议签订后，隐名股东要保留其向显名股东支付出资的记录，以及显名股东向公司注资的记录，尽量保证专卡专用，并在同一时间段内支付。
6.隐名股东需要取得公司替他股东认可其为真正股东的证明，以及目标公司予以确认的证明，例如通过股东会决议、公司章程修正案等方式确认或公司向隐名股东签发加盖公章的出资证明书、股东名册等。
7.隐名股东可以在签订代持协议的同时，要求显名股东签署隐名股东出席股东会的授权书，以保障行使表决权；并且留存参加股东会、董事会等参与公司管理的证据。
8.公司的运营中，隐名股东还应对董事会席位、公司高管职位及公司财务人员作出安排，防止显名股东滥用股东权力，通过作出当年度不分红，少分红，高额提取资本公积金，关联交易，自我交易等方式将隐名股东的利润“黑”掉。
股权清晰是IPO、新三板挂牌的基本要求，因此，股权代持会给被代持股份的权属以及被代持股份对应股东权利的行使带来不确定性从而造成上市、挂牌的法律障碍，从而不符合审核要求。
清理代持问题，解决难点在于对其形成原因、演变及解除过程（真实性、合法性、彻底性）的确认，确保不存在因此而发生的潜在纠纷。基于此，对股权代持进行核查及清理时可以从以下三个方面进行：
1. 摸清代持原因。详细披露股权代持发生的原因、股权代持形成和变动的过程以及股权代持确认的依据等。通过与名义股东和实际股东的面谈、对公司其他股东、董事、高级管理人员的访谈，详细了解股权代持的具体情况，比如股权代持发生的原因、是否签署过股权代持协议、股权对应出资额的缴付情况、所代持股权的变动情况、公司历史上的分红情况等等。要合法有效地将股权代持还原，就必须把股权代持的来龙去脉了解清楚，这是解决代持问题的基础。
2. 提出解决方案。股权代持清理的基本方式都是股权转让，即名义股东将所代持的股权无对价转让给实际股东或实际股东拟要转让的受让人，或者由实际股东将股权转让给名义股东或有关联的第三方，或者将股权转让给无关第三方等。除股权转让协议和工商变更外，还需要股权转让各方就股权代持的相关事宜予以再次书面确认，以避免日后发生股权纠纷。有的案例中由公司针对其设立以来的股权变动、委托持股关系演变等事项，由现全部股东和退出的原股东签署了《访谈记录》，并确认对所持公司股权形成及变动情况无异议，这种方法也是可以的，在效果上更加彻底。如科大国创（300520）采取的就是此种方法。
3. 由律师发表明确的意见。经过核查后，由律师确认股权代持的合法性，并就股权代持形成、变动和解除的合法性、有效性给出明确的结论性意见。根据《合同法》以及《最高人民法院关于适用中华人民共和国公司法若干问题的规定（三）》的相关规定，如代持各方就股权代持的形成、变动及解除的意见均为真实意思表示且不存在《合同法》第五十二条关于合同无效的情形的，代持行为即为合法有效。
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