根据《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发[2013]49号）规定，全国中小企业股份转让系统（即：新三板）是经国务院批准，依据证券法设立的全国性证券交易场所，主要为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。境内符合条件的股份公司均可通过主办券商申请在全国股份转让系统挂牌，公开转让股份，进行股权融资、债权融资、资产重组等。在全国股份转让系统挂牌的公司，达到股票上市条件的，可以直接向证券交易所申请上市交易。
2019年12月28日，修订后的《证券法》经第十三届全国会第十五次会议审议通过，并于2020年3月1日起施行。修订后的《证券法》明确公开发行的证券应当在证券交易所上市交易或者在国务院批准的其他全国性证券交易场所交易；非公开发行的证券，可以在证券交易所、国务院批准的其他全国性证券交易场所或者按照国务院规定设立的区域性股权市场转让。在多层次资本市场框架下，新三板作为“国务院批准的其他全国性证券交易场所”，法律地位得到了进一步明确。
“营改增”以来，对于转让“新三板”挂牌公司股权是否缴纳增值税问题一直存在争论，相信随着新《证券法》的执行将日趋明朗。
首先，新三板的法律地位，是属于国务院批准的其他全国性证券交易场所，在此场所交易的证券属于公开发行的证券，所以，笔者认为在新三板挂牌企业发行的股票（普通股、优先股）属于公开发行的证券。
其次，根据新三板的交易规则，系统中交易每股价值可以通过做市商制度得到充分体现，具体交易模式如下图所示：
因此，笔者认为，在新三板中交易的挂牌公司股票属于财税〔2016〕36号文中所述金融商品转让相关范围中的有价证券，需缴纳增值税。
但目前因为政策尚不明确，对于新三板挂牌企业股转征收增值税还有以下几个问题需要解决：原始股转让买入价如何确定？系统外的协议转让作为卖出价是否公允如何判定？
在正式文件出台之前，企业遇到该问题可以参考“营改增”期间税局答疑或咨询主管税务机关，以下为笔者收集的个别地方的税局观点，仅供参考：
2018年3月9日《解答资管产品等增值税的16个热点问题》第11条，“新三板市场属于全国性的非上市股份有限公司的股权交易平台，目前交易形式有协议转让和做市交易，两者在流动性上存在一定的差异。在总局进一步明确前，视为股权转让，暂不征收增值税”。
2018年3月1日《福建国税资管产品增值税热点问题解答》第五条，根据财税[2016]36号文，金融商品转让是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。有价证券有广义与狭义之分，从广义的概念来看，有价证券包括了商品证券、货币证券和资本证券。其中，资本证券是指由金融投资或与金融投资有直接联系的活动而产生的证券，持券人对发行人有一定的收入请求权，包括股票、债券及其衍生品种如基金证券、可转换证券等。根据全国股份转让系统公司发布的《全国中小股份转让系统业务规则（试行）》和《全国中小企业股份转让系统股票转让细则》，二者均以“股票转让”定义“新三板”挂牌公司股份的转让形式，并且对相关股票转让行为进行规范。
综上，“新三板”的股票交易行为属于股票交易形式的一种，属于转让有价证券的行为，应按照金融商品转让征收增值税。纳税人核算转让“新三板”股票销售额时，以取得股票（股份）时的交易价格确认买入价。
热点问答：企业转让新三板（留言时间：2020-06-20），根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2 《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第三款规定：“3.金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后36个月内不得变更。”
热点问答：关于企业转让新三板挂牌公司原始股应否缴纳增值税 （留言时间：2019-08-16），根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》及附录《销售服务、无形资产、不动产注释》的规定：“在中华人民共和国境内（以下称境内）销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。”另外，根据上述文件附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》的规定，“金融商品转让，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额。转让金融商品出现的正负差，按盈亏相抵后的余额为销售额。若相抵后出现负差，可结转下一纳税期与下期转让金融商品销售额相抵，但年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。金融商品的买入价，可以选择按照加权平均法或者移动加权平均法进行核算，选择后36个月内不得变更。”因此，如纳税人转让金融商品，应按规定计算缴纳增值税。如无法自行判断，请向主管税务机关提供相关资料，由其依法进行核定。
《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发﹝2013﹞49号）规定，“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理。”因此，转让新三板企业股权，按转让上市公司股权计算缴纳增值税。
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